Por que a letra Ç não aparece no alfabeto?

O ç não é uma letra, é só a letra c com um sinal especial. A cedilha funciona como um acento colocado sobre as vogais,só que nesse caso o acento vai numa consoante (a letra c) e fica abaixo da letra.
A cedilha surgiu no idioma espanhol antigo,na Idade Média, e era um pequeno z que mudava a pronúncia do c para tz.Mais tarde,o ç deixou de ser usado no idioma espanhol ,mas foi mantido em outras línguas,como o português e o francês.
Com o cedilha, notamos a diferença do som do c nas palavras caça e caca ,por exemplo.